La desaparición del ARA San Juan llegó al Congreso por jefe de Gabinete, Marcos Peña quien informó a los diputados que el submarino tenía como tarea secundaria la de monitorear a buques y aeronaves de las Islas Malvinas.
Peña entregó un informe confidencial de la Armada Argentina con coordenadas que indicarían que el ARA San Juan pudo haber estado a pocos kilómetros de las Islas.
El jefe de Gabinete respondió a la pregunta 456 del informe 108, que envió a laCámara de Diputados esta semana, que el objetivo primario del ARA San Juan "era la localización, identificación, registro fotográfico/fílmico de buques frigoríficos, logísticos, petroleros, buques de investigación de otras banderas, etc., que se encontraran realizando alijo con un buque pesquero".
Luego agregó: "Como objetivos materiales secundarios de esta actividad se establecieron buques y aeronaves que operan desde las Islas Malvinas. Ello con el propósito de verificar el cumplimento de los convenios suscriptos por ambos países, en cuanto a la obligación de informar los movimientos de unidades en zonas particulares".
La respuesta de Peña hablan de un punto hasta ahora no admitido a nivel oficial: que el submarino también estaba monitoreando las embarcaciones y aeronaves de Malvinas, algo que fue negado en reiteradas oportunidades por la Armada y el Ministerio de Defensa que comanda Oscar Aguad .
Peña adjunto en su informe de 1976 páginas la Orden de Operaciones (OP) COFS N° 04/17 "C" que detalla la misión completa del ARA San Juan.
En ese informe de 8 páginas fechado octubre de 2017, al final de la última foja aparece una enmienda manuscrita que lleva la firma del Capitán de Fragata, Hugo Miguel Correa, Jefe de Operaciones y Guerra Acústica del Comando de la Fuerza de Submarinos de la Armada. Allí modificaba una de las cinco Áreas de Operaciones del ARA San Juan y que bautizaron como Alejandra, las otras cuatro zonas se llamaban: Alessia, Esperanza, Milagros y Juliana.